Viện đang vận hành các thiết bị và phòng thí nghiệm: ICP-MS, XRF. XRD, SEM, EPMA thiết bị phân tích độ hạt bằng laze Horiba, phòng phân tích hóa, tủ ấm BOD, các máy hiển vi phân tích lát mỏng, vi cổ sinh.

Các thiết bị hiện trường: Hệ thống đo GPS hai tần số Trimble; Hệ thống Địa vật lý: đo điện, đo địa chấn; Các thiết bị quan trắc môi trường.

Tại khuôn viên của Viện (ngõ 84 phố Chùa Láng): 01 trạm quan trắc độ lún nền và động thái nước dưới đất và một số mốc quan trắc